성관계를 하는 엑스레이 사진이 발견되면서 병원은 발칵 뒤집힌다. 병원 식구들은 누가 찍었는가보다 찍힌 게 누구인가에 관심을 보인다. 간호사 여윤영은 자기일지도 모른다는 생각에 사직서를 쓰려 하지만 막상 병원에 가보니 자신과 부원장 외엔 아무도 출근을 안 한다. 병원에서 이런 소동이 일어나는 한편 서울 도심에는 처음 보는 구덩이들이 생겨난다. 갑자기 생긴 싱크홀을 메우는 일에 청년들이 동원되는데 윤영의 남자친구도 싱크홀 매립 작업을 시작한다. <메기>는 줄거리를 쉽게 요약할 수 없는 영화다. 예상 가능한 이야기가 아니기 때문인데 감독의 독특한 상상력이 사방팔방 뻗어간다. 감독은 다음과 같은 연출 의도를 밝힌 바 있다. "사실이 아닌 것을 알면서도 함구한 적이 있다. 오해가 커지는 것을 지켜보면서 세상은 결국 오해를 견디며 사는 것이라는 생각이 들었다. 확신은 의심으로부터 자유롭다. 그래서 너무 위험하다. 확신에 도달하는 과정을 담은 것이 영화 <메기>다. 진실을 마주한 다음 나의 태도를 어떻게 취하는 것이 좋을까?"(남동철)