불신의 시대, 그에 대한 책임은 우리 모두에게 있다. 영화 <슬리퍼 에이전트>가 던지는 질문은 바로 ′우리가 사람을 얼마나 믿을 수 있는가′ 하는 것이다. 요하네스는 동료인 파리드와 함께 뮌헨에서 과학자로 일하고 있다. 두 사람의 과학적 관점은 다르지만 둘은 함께 잘 협력해서 일을 해왔다. 그러나 어떤 계기로 요하네스가 파리드를 바라보는 시선에 조금씩 불신과 다른 감정이 끼어들면서 그들의 관계는 어긋나기 시작한다. 정보당국에서는 요하네스에게 파리드를 감시할 것을 요구하고 요하네스는 이를 받아들인다. 한 여인을 사이에 둔 사랑의 라이벌 관계인데다 직업적인 경쟁이 겹쳐지면서 요하네스는 결국 질투의 감정을 못 이겨 거짓 보고를 하게 되고 그로 인해 뼈아픈 결과로 고통 받게 된다. 벤야민 하이젠베르크는 한 사회가 스스로의 불안정성을 얼마나 빠르게 드러내는지, 그리고 신뢰할만한 한 개인이 얼마나 쉽게 실수 때문에 파국에 이르는지를 탐구한다. 제3제국 시절을 통해 배운 교훈을 벌써 다 잊어버리고 9/11 이후를 살고 있는 인류는 논쟁만 하다 결국 옳고 그른게 무엇인지를 모르는 상태가 됐다. 요하네스는 올바르게 사는 법을 배우게 되지만 그로 인해 혹독한 대가를 치룬다.