시로 마사무네의 만화 원착 공각기동대 세계관을 기초로 한 철학적이면서도 흥미진진한 SF애니메이션. 2006년 PPV와 OVA버전으로 발표된 동명의 애니메이션을 3D버전으로 전환하고, 오프닝 씬을 새로 만들어 추가했다. 서기 2034년. 가난한 사람조차 뇌에 전자칩을 이식한 사이보그가 될 수 있고, 이 모든 것이 네트워크로 연결된 세상에서 해킹은 사회에 매우 큰 위협이 된다. 이를 저지하기 위해 조직된 공안9과는 쿠사나기 소령이 떠난 지난 2년간 조직 규모를 대폭 확대하며 토구사를 새로운 지휘관에 앉힌다. 공안9과는 일련의 복잡한 사건들을 맡게 되고 수사 과정에서 꼭두각시 인형사라 불리우는 신의 경지에 이른 해커가 이 모든 사건의 배후임을 밝혀낸다. 한편 별도로 사건을 쫓던 바토는 실종된 쿠사나기를 우연히 마주치는데, 그녀는 "솔리드 스테이트 소사이어티에서 손을 떼라"는 뜻 모를 경고를 남기고 사라진다. 이에 바토는 혹시 쿠사나기가 꼭두각시 인형사가 아닐까 의혹을 품는다. (박성호)